标志形象为三株禾苗，尽显农业特色,亦谐音学校核心文化“和

校徽中心主体图形以少数民族传统民居“吊脚楼”为设计出发点，凸显民族特色，激发民族自尊心。同时，也与学校的建筑风格相辅相成，个性鲜明，激发师生的爱校情怀。吊脚楼的屋角幻化为手的造型，大手牵小手，寓意教师牵手学生，以“真爱护幼苗，活水育桃李”的风范，给学生阳光般的温暖；寓意学校成员以“和而不同”的姿态，齐心协力，托起明天的太阳。吊脚楼下方似楼宇倒映水中，逐波荡漾，生动形象。

南通，位于长江三角洲北翼，东抵黄海，南望长江，是据江海之会的黄金海岸，南通大学附属中学标志造型取江海之会的波涛为设计元素......

校徽采用圆形外观，简洁大方，圆融美满。圆形犹如动感的车轮，寓意学校滚滚向前的发展态势，又似东升的旭阳，象征学校前途一片光明......